加茂町南部、南当尾一帯は古く「小田原」とよばれ、仏教文化が花開いたところでした。その中でも、当寺は平安時代を代表する寺院です。行基開基を伝え、行基が鳴川に建立した阿弥陀堂がそのはじまりとされ、弘安2年に至って鳴川山寺の東禅院潅頂堂を岩船に移し、同8年に供養したといわれていますが定かではありません（『岩船寺縁起』）。本尊は阿弥陀如来像で10世紀を代表する仏像として知られています。三重塔（室町時代）は中世後期の代表作ともいわれており、重要文化財に指定されています。